De acordo com o site de tecnologia dos EUA Ars Technica, as 4 bases de DNA (A, C, G, T) podem alterar as correntes e tensões em ambos os lados do nanopore de diferentes maneiras e medindo a mudança de corrente e tensão, respectivamente Para seqüenciamento de DNA de cadeia simples.
Seis anos depois, os pesquisadores estão encontrando novos usos para o seqüenciador, concentrando-se nas propriedades desses nanopores de proteínas. Em um artigo recente publicado na revista Nature Biotechnology, Os pesquisadores da universidade apresentaram a longa leitura que o sequenciador forneceu e como ela pode ser usada para seqüenciar o genoma humano anteriormente resistente à caracterização. O dispositivo também pode ser usado para decidir duas leituras de outro gene Cromossomos, que mapeiam as regiões controladas epigenéticamente de todo o genoma.
O novo uso do seqüenciador foi desenvolvido por Nick Loman, professor do Instituto de Microbiologia e Doenças Infecciosas da Universidade de Birmingham, e Josh Quick, um estudante de doutorado na Universidade de Birmingham, onde o Quick desempenha um papel importante no desenvolvimento do método do leitor.
Embora o sequenciador ainda seja propenso a erros, ele supera o sequenciador mais preciso quando ocorrem erros, especialmente quando se lê DNA com mais de 200 bases. Quando o DNA é repetido, o outro Programas de software, e quando um dispositivo altamente preciso é usado com um pequeno dispositivo de Oxford Nanopore, ele oferece um compromisso entre as seqüências e mostra como a seqüência pode formar uma parte maior.
Usando diferentes soluções de software e dados de interpretação de dados de tensão, o estudo explorou várias maneiras de gerar a melhor seqüência de nanopores. Os pesquisadores realizaram várias leituras e gráficos de várias maneiras, alcançando finalmente uma precisão de 99,44% .
Ars Technica relata que, porque herdamos os dois cromossomos duplicados de nossos pais, respectivamente, embora o DNA subjacente seja o mesmo apesar das diferentes versões, isso significa que o DNA curto e longo não determina a diferença entre os dois, A longa leitura fornecida pelo nanopore foi de extrema importância e, ao longo do experimento, os pesquisadores descobriram que seu comprimento de leitura era tão alto quanto 882 mil bases, o que não era possível com o projeto original de sequenciação do genoma e os pesquisadores previram que O novo aplicativo ajudará a preencher todas as vagas no projeto original do genoma.
Os pesquisadores encontraram alguns desafios durante o estudo, pois descobriram que a especificação de arquivo genérico usada para salvar dados de DNA não poderia lidar com sequências longas que levaram a uma falha no software de análise. Claro, se o software pudesse ser atualizado para incluir essa funcionalidade, Então, a possibilidade de futuras aplicações é infinita.
Loman disse: "Mesmo um ano atrás, era praticamente impossível seqüenciar todo o genoma humano, mas com os recentes avanços e inovações na tecnologia nanopore, agora conseguimos seqüenciar segmentos genômicos muito longos Ele também comparou esse método de seqüenciamento com um enigma.
"Uma das descobertas mais importantes neste estudo é que, mesmo depois de completar uma referência do genoma humano ou pensar que foi feito por algum tempo, ainda contém muitas deficiências e o novo método que desenvolvemos desenvolvido usando a sequenciação nanopore Sem comprimento de leitura longo, reduzindo assim a seqüência de algumas lacunas.
Compilar: Susan Hong