Die Vereinigten Staaten berichteten, Technologie-Website Ars Technica, 4 Basen (A, C, G, T) DNA sowohl von Strom und Spannung können jeweils auf unterschiedliche Weise Nanopore durch die Änderung in dem gemessenen Strom und Spannung verändert werden, kann sein Für die einzelsträngige DNA-Sequenzierung.
Sechs Jahre später finden die Forscher neue Nutzungsmöglichkeiten für den Sequenzer, indem sie sich auf die Eigenschaften dieser Proteinnanoporen konzentrieren.In einem kürzlich in der Fachzeitschrift Nature Biotechnology veröffentlichten Paper Forscher an der Universität führten den langen Lesestoff ein, den der Sequenzer lieferte, und wie er dazu verwendet werden kann, das menschliche Genom zu sequenzieren, das zuvor gegen eine Charakterisierung resistent war. Das Gerät kann auch verwendet werden, um zwei Lesevorgänge von einem anderen Gen zu bestimmen Chromosomen, die die epigenetisch kontrollierten Regionen des gesamten Genoms abbilden.
Die neue Verwendung des Sequenzers wurde von Nick Loman, einem Professor am Institut für Mikrobiologie und Infektionskrankheiten an der Universität Birmingham, und Josh Quick, einem Doktoranden an der Universität von Birmingham, entwickelt, wo Quick eine wichtige Rolle bei der Entwicklung der Reader-in-Law-Methode spielt.
Obwohl der Sequenzer immer noch fehleranfällig ist, übertrifft er den genaueren Sequenzer, wenn Fehler auftreten, insbesondere beim Lesen von DNA mit mehr als 200 Basen, wenn die DNA wiederholt wird Software-Programme, und wenn ein sehr genaues Gerät mit einem kleinen Gerät von Oxford Nanopore verwendet wird, bietet es einen Kompromiss zwischen Sequenzen und zeigt, wie die Sequenz einen größeren Teil bilden kann.
Unter Verwendung verschiedener Softwarelösungen und Daten zur Spannungsdateninterpretation untersuchte die Studie verschiedene Möglichkeiten, um die beste Nanoporensequenzierung zu erzeugen. Die Forscher führten mehrfache Lese- und Plot-Messungen auf verschiedenen Wegen durch und erreichten schließlich eine Genauigkeit von 99,44% .
Ars Technica berichtet, dass, weil wir die zwei duplizierten Chromosomen jeweils von unseren Eltern erben, obwohl die zugrundeliegende DNA trotz der verschiedenen Versionen die gleiche ist, dies bedeutet, dass die kurze, lange DNA nicht den Unterschied zwischen den beiden bestimmt, Die lange Auslesung durch die Nanopore war von größter Wichtigkeit, und im Verlauf des Experiments fanden die Forscher heraus, dass ihre Leselänge bis zu 882.000 Basen betrug, was mit dem ursprünglichen Genomsequenzierungsprojekt nicht möglich war, und die Forscher sagten das voraus Die neue Anwendung wird dazu beitragen, alle offenen Stellen im ursprünglichen Genomprojekt zu füllen.
Die Forscher stießen während der Studie auf einige Herausforderungen, da sie feststellten, dass die generische Dateispezifikation zum Speichern von DNA-Daten lange Sequenzen nicht durchführte, was zu einem Ausfall der Analysesoftware führte. Wenn Software mit dieser Funktionalität aktualisiert werden könnte, Dann ist die Möglichkeit zukünftiger Anwendungen endlos.
Loman sagte: "Noch vor einem Jahr war es praktisch unmöglich, das gesamte menschliche Genom zu sequenzieren, aber mit den jüngsten Fortschritten und Innovationen in der Nanopore-Technologie konnten wir jetzt sehr lange genomische Segmente sequenzieren Er hat diese Sequenzierungsmethode auch mit einem Puzzle verglichen.
"Eines der wichtigsten Ergebnisse in dieser Studie ist, dass selbst nach Abschluss eines menschlichen Genoms oder Nachdenkens noch einige Mängel vorhanden sind und die von uns entwickelte neue Methode mithilfe der Nanoporen-Sequenzierung entwickelt wurde Aus großer Leselänge, dadurch Verkürzung der Abfolge einiger Lücken.
Zusammenstellung: Susan Hong